Скрипт дизайна праймеров для ПЦР

http://php-programmist.ru/portfolio/php-scripts/primer-designer.html

Для Луганской Диагностической Лаборатории (ЛДЛ) был разработан скрипт для дизайна праймеров ПЦР. Праймеры - это олигонуклеотиды, необходимые для "затравки" реакции полимеризации. С помощью пары праймеров исследователь может выделить нужный участок ДНК.

Для того, чтобы подобрать нужные праймеры, нужно учесть множество факторов - таких как:

- Длина

- Температура отжига

- Температура плавления

- Процентное содержание Гуанина и Цитозина

- Специфичность праймеров

и др.

Мой скрипт призван помочь дизайнеру праймеров, показывая ему некоторые из перечисленных параметров. При дизайне праймеров руководствуются такими правилами:

- Длина праймера должна составлять от 15 до 25 пар нуклеотидов.

- Процентное содержание Гуанина-Цитозина должно колебаться от 50% до 60%.

- Температура плавления варьирует в пределах 52-60 °С.

-Температура отжига обоих праймеров должна отличаться максимум на 3°С.

При достижении оптимальных показателей, они высвечиваются зелёным цветом. В поля праймеров можно ввести только буквенные обозначения дезокси-рибонуклеотидов: G, C, T, A.